Fondato nel 2008, è il risultato di un accordo di collaborazione, firmato a Pechino nel dicembre 2004, tra la Scuola Superiore Sant'Anna di Pisa e l'Università di Chongqing, che prevedeva anche l'apertura del Galileo Galilei Italian Institute a Chongqing. L'Istituto fa parte della rete degli Istituti Confucio promossa dal Ministero cinese dell'Istruzione in oltre 100 paesi del mondo, con l'obiettivo di diffondere la lingua e la cultura cinesi. Le principali attività, perseguite sulla base dei principi di apprendimento interculturale, rigore scientifico e cooperazione internazionale, sono: corsi di lingua cinese; attività scientifiche, come gruppi di ricerca, conferenze, seminari, scambi tra docenti, ricercatori e studenti; organizzazione di manifestazioni culturali, concerti, circoli letterari, rappresentazioni teatrali, mostre, eventi legati al folklore e alla tradizione cinese, proiezioni di film e documentari; pubblicazione dei risultati dell'attività scientifica svolta all'interno dell'Istituto.