Il Giardino Scotto rappresenta l’ultima destinazione di un’area di Pisa oggetto di continue trasformazioni, come dimostrano anche i risultati dei recenti scavi archeologici qui condotti. La zona era probabilmente già parzialmente insediata in età romana, essendo limitrofa al percorso della via Aemilia Scauri. Abbandonata per tutto l’altomedioevo, fu scelta nel 1095 per la fondazione della chiesa di S. Andrea in Chinzica. Nel XIII secolo si distinse come area artigianale legata alla produzione di ceramica, da cui il nome medievale di Baractularia, mentre nel corso del XIV secolo vi vennero installati una serie di impianti utilizzati per fondere campane bronzee, attività nella quale i maestri pisani eccellevano.
Nel XV secolo, dopo la conquista della città, i fiorentini decisero di costruirvi una Cittadella fortificata (1440-75), progettata con la partecipazione di Brunelleschi e volta al controllo dei cittadini pisani. La costruzione, di cui rimangono le due torri semicircolari ed il muro in pietra con scarpa ad ovest, riutilizzò parte delle mura medievali della città e comportò la completa distruzione del preesistente quartiere.
Nel 1495 i pisani insorti distrussero parzialmente la fortezza; tra il 1509 e 1512, in seguito alla seconda conquista fiorentina, Antonio da Sangallo utilizzò parte della fortezza precedente e costruì un nuovo forte a stella a sud ancora visibile da piazza Guerrazzi ed un bastione sull’Arno.
La fortezza fu smantellata nel 1785 e a posto del bastione fu costruito un palazzo nobiliare che presto divenne proprietà di Domenico Scotto, da cui prese il nome, che adibì la retrostante porzione della fortezza a giardino privato. Nel 1936, quando il Palazzo divenne Regia Questura il parco fu donato alla cittadinanza dagli ultimi eredi.