La Domus Mazziniana è situata nel Palazzo Nathan-Rosselli, il luogo in cui morì Giuseppe Mazzini nel 1872. L’edificio venne dichiarato monumento nazionale il 20 marzo 1910, ma fu totalmente distrutto nel corso del bombardamento di Pisa del 1943, in cui si perse anche il mobilio originale, mentre gli altri cimeli risorgimentali erano già stati posti in salvo dalla Soprintendenza ai Monumenti.
La struttura attuale è quindi frutto di una ricostruzione post-bellica, che venne inaugurata nel giugno del 1952 dal Presidente della Repubblica, Luigi Einaudi. Da allora è sede di un’istituzione culturale volta allo studio e all'approfondimento del pensiero di Mazzini, alla diffusione delle sue opere, alla raccolta e conservazione di documenti ed oggetti relativi alla sua vita e al suo insegnamento.
Dal 1955 l'Istituto pubblica una rivista semestrale, il Bollettino della Domus Mazziniana, sulle cui pagine sono accolti articoli di prevalente carattere documentario ed un’organica bibliografia degli scritti italiani e stranieri di argomento mazziniano. Cura anche proprie collane editoriali ed organizza conferenze, convegni, seminari e corsi per l'aggiornamento dei docenti. L'annessa biblioteca raccoglie oggi oltre 40.000 volumi di carattere essenzialmente storico; sono anche consultabili giornali e periodici, di prevalente indirizzo democratico-repubblicano. Di ragguardevole importanza è l'archivio, nel quale sono catalogati oltre 87.000 documenti.
Ristrutturato di recente, l'edificio ospita anche un museo, dove è possibile ripercorrere la vita di Giuseppe Mazzini e ricordare i momenti più importanti del Risorgimento italiano grazie all'ausilio di documenti, oggetti personali, lettere e fotografie.