Realizzato per ordine di Cosimo I de’ Medici e su iniziativa dell'illustre maestro Luca Ghini, il Giardino dei Semplici è il più antico orto botanico del mondo e il primo legato a un ambiente universitario. L’Orto pisano ha occupato diverse zone della città. In origine, durante la prefettura di Luca Ghini, il Giardino era collocato nei pressi degli antichi arsenali (1543-1545), in seguito con il prefetto Andrea Cesalpino questi spazi vennero occupati dall’Ordine dei Cavalieri di Santo Stefano e l’Istituzione si trasferì nei pressi della chiesa di S. Marta, ove la toponomastica ne rammenta la presenza (1563-1595) con la via del Giardino.
Questa sistemazione, defilata rispetto alla Sapienza e annessa a terreni scarsamente soleggiati, non soddisfaceva gli studiosi tanto che Ferdinando I trasferì definitivamente il ‘terzo Orto’ in via S. Maria (1590 ca.) durante gli anni della prefettura di Giuseppe Casabona.
Luogo di studio e di meditazione, conserva al suo interno vere mirabilia vegetali, viventi o essiccate, utili alla ricerca scientifica. La classificazione delle varietà botaniche e la loro schedatura, peculiarità dell’Orto pisano, furono abbinate, fin da subito, alla fedele rappresentazione dei vegetali che, disegnati o incisi “dal vivo”, andarono ad arricchire pagine di manoscritti e libri a stampa la cui circolazione attivò proficui scambi tra studiosi, contribuendo all’affermarsi della Botanica come scienza moderna. All’interno dell’Orto si trova il Museo botanico. Nella prima metà del Settecento la facciata dell’edificio fu ristrutturata e arricchita con una capricciosa fantasia di conchiglie e madrepore.
Tutt’oggi l’Orto pisano prosegue la sua attività scientifica arricchendo e curando collezioni di piante a scopo didattico, scientifico e divulgativo.