La Iglesia de Santa Eufrasia se recuerda por primera vez en el año 780, en el acto de fundación del Monasterio Benedictino Masculino de San Savino, que surgió no muy lejos de la ciudad. Posiblemente fuera reedificada en 1124 con el título de Santas Eufrasia y Bárbara.
Han sido muchas las restauraciones que se han realizado en todo el edificio a lo largo del tiempo. Las intervenciones más incisivas se remontan a las primeras décadas del siglo XVII y al siglo XVIII, cuando la iglesia pasó a la congregación Carmelita de los Teresianos Descalzos.
Actualmente el edificio presenta una fachada a modo de cabaña, compuesta por una parte inferior, en la que se conserva la construcción medieval con dovelas de piedra y un portal con luneto de medio punto; y por una parte superior, completamente de ladrillo, que es en parte atribuible a las intervenciones del siglo XVIII.
El interior es un solo espacio, absidal; mientras que las columnas, los pilares y las cornisas en estuco revelan la preponderancia de la facies del siglo XVIII.
Las telas de los altares, con La Muerte de Santa Teresa de Mauro Soderini y La Muerte de San José de Francesco Conti e Ignazio Hugford, hace tiempo que fueron trasladadas a la vecina Iglesia de San Sisto y al Museo de San Mateo. En cambio, una mesa del siglo XIII que representaba a la Virgen y a las dos santas titulares, y que posiblemente pertenecía a un retablo mayor, tras la desconsagración de la iglesia en la segunda posguerra, fue trasladada a la moderna Iglesia de Santa María Madre de la Iglesia, en la periférica Via Parini.
Actualmente la iglesia se usa como espacio universitario.