Realizado por orden de Cosme I de Medici y por iniciativa del ilustre maestro Luca Ghini, el Jardín de los Simples es el jardín botánico más antiguo del mundo y el primero ligado a un ambiente universitario. Este jardín pisano ha ocupado distintas zonas de la ciudad. Originariamente, durante la prefectura de Luca Ghini, el jardín estaba colocado cerca de los antiguos arsenales (1543-1545). Más adelante, con el prefecto Andrea Cesalpino, estos espacios fueron ocupados por la Orden de los Caballeros de San Esteban y la institución se trasladó cerca de la Iglesia de Santa Marta, donde la toponomástica recuerda su presencia (1563-1595) con la Via del Giardino.
Esta ubicación, escondida respecto a La Sapienza y anexa a terrenos poco soleados, no satisfacía a los estudiosos, hasta el punto que Fernando I trasladó definitivamente el “tercer jardín” a Via S. Maria (en torno a 1590) durante los años de la prefectura de Giuseppe Casabona.
Lugar de estudio y meditación, conserva en su interior auténticas maravillas vegetales, vivas o secas, útiles para la investigación científica. La clasificación de las variedades botánicas y su fichaje, peculiaridad del jardín pisano, se unieron, desde el principio, a la fiel representación de los vegetales que, dibujados o grabados “en vivo”, enriquecieron páginas de manuscritos y libros de prensa cuya circulación activó proficuos intercambios entre estudiosos, contribuyendo a la imposición de la botánica como ciencia moderna. Dentro del jardín se encuentra el Museo Botánico. En la primera mitad del siglo XVIII la fachada del edificio fue reestructurada y enriquecida con una caprichosa fantasía de conchas y madréporas.
Actualmente el jardín pisano prosigue su actividad científica enriqueciendo y editando colecciones de plantas con fines didácticos, científicos y divulgativos.