Ubicado en el área adyacente a la Plaza de los Milagros, al lado de la antigua Puerta del León, el cementerio hebreo alberga desde 1674 las sepulturas de los ciudadanos israelitas. Son especialmente interesantes la variedad estilística de los túmulos presentes (desde las clásicas formas trapezoidales o el estilo imperio hasta el neogótico y el Liberty), las piedras tumbales del siglo XVII trasladadas aquí de un lugar sepulcral precedente y la diferente procedencia geográfica de los mismos inhumados.
Esta última característica ofrece un óptimo ejemplo de la variedad de la presencia hebrea en Pisa a lo largo de los siglos, y atestigua también la elección de algunos forasteros de ser sepultados precisamente en el cementerio pisano, en virtud del contexto monumental en el que se encuentra.
¿Pero dónde están las tumbas hebreas del período precedente a 1674? Los testimonios materiales y la documentación pública y privada prueban que han existido desde el siglo XIII hasta la actualidad al menos cuatro, si no cinco, cementerios hebreos en la zona comprendida entre la Puerta Nueva y la Ciudadela. Del más antiguo se conservan las inscripciones fúnebres del siglo XIII, aún visibles, grabadas en los muros de ambos lados de la Puerta Nueva. De los otros sabemos que hasta la segunda mitad del siglo XVI surgieron en parcelas de terreno de propiedad de la importante familia de los da Pisa, adquiridas expresamente con este fin. En 1618, desaparecidos los da Pisa de la ciudad, un nuevo cementerio nació como consecuencia de la “Livornina”, pero dado que el Gran Duque Fernando II quería crear una “faisanería” en el área en que este surgía, pronto dejó de existir, y el cementerio actual tomó forma en la parcela que el propio gran duque había concedido a cambio.