Risale alla fine del Cinquecento il trasferimento dalla chiesa di S. Maria della Spina della trecentesca Madonna col Bambino nell’ubicazione attuale, per favorirne la devozione da parte dei Pisani che invocavano protezione dal malgoverno dei ministri granducali. Una disposizione dell’Arcivescovo Dal Pozzo stabiliva infatti la recita delle preghiere al suono delle campane della città.
La casa che sovrastava l’arco sotto il quale fu posta la Madonna all’inizio di Borgo «alle sette colonne» era di proprietà dei monaci di Nicosia (Calci); in quell’occasione l’abate Giovanni Andrea Morrona intraprese lavori di ristrutturazione della casa e dei portici, e fece incidere un’iscrizione per ricordare l’avvenimento. L’intaglio del supporto ligneo fu commissionato a Cosimo d’Arrigo, che già aveva eseguito per la chiesa dei Cavalieri di S. Stefano gli stalli del coro su disegno del Vasari.
Il rilievo della Madonna col Bambino è stato restaurato alla metà degli anni cinquanta del secolo scorso. In quell’occasione sono stati rimossi vari strati di ridipinture, rivelando la cromia originaria solo nel volto della Madonna e in alcune dorature che dovevano essere in origine molto estese.
La scultura è stata attribuita all’attività matura di Nino Pisano, per la linea sinuosa dei panneggi che riprende la pittura di Simone Martini e per le suggestioni dell’arte francese, analogamente al gruppo dell’Annunciazione nella chiesa di S. Caterina e alla Madonna col Bambino nella chiesa di S. Nicola. Il tabernacolo ligneo cinquecentesco all’interno del quale si trova oggi una copia della Madonna (l’originale è conservato presso il Museo di S. Matteo) sovrasta ancora l’ingresso ai portici di Borgo Stretto.