La fundación del Baptisterio se remonta al año 1152, pero su construcción duró más de dos siglos. La primera fase de edificación, hasta la parte superior de los arcos del primer orden, fue dirigida por el arquitecto Diotisalvi. A partir de principios del siglo XIII fue en cambio Guidetto quien se ocupó de las decoraciones de las puertas y de los muros hasta la cubierta de la nave anular. A partir de 1260 Nicola Pisano intervino en el perimetral, llevándolo hasta la altura de los pequeños arcos de la galería exterior. Fue en cambio Giovanni Pisano quien añadió los tímpanos dominantes. Tras una larga interrupción, se retomaron las obras en pleno siglo XIV, con la coronación de la tribuna y la edificación de la cubierta.
El edificio, de planta circular, presenta en el exterior un primer orden con una serie de arcadas ciegas de medio punto marcadas por columnas adosadas, entre las cuales se abren monóforas y cuatro puertas. Por encima hay un pasadizo de columnas con arquivoltas y una rica decoración escultórica dentro de tímpanos. Las lagunas en este ciclo figurativo se deben al traslado de las estatuas al vecino Museo de la Ópera de la Catedral. Los mismos arcos presentan en las impostas protomos humanos realizados por Nicola Pisano y por su taller a partir de 1265.
Encima de la última franja de paramento de mármol se inserta la cúpula, marcada en la parte inferior por una serie de edículos de mármol rematados con un par de penachos y con un frontispicio triangular. En la parte superior hay colocada una estatua de cobre dorado que representa a San Juan, realizada en 1395 por Turino di Sano de Siena.
El portal orientado a la Catedral fue decorado en torno a los años 1203-1204 por escultores de cultura greco-bizantina. El ciclo está introducido por dos columnas laterales decoradas y volutas de acanto vegetales.