La iglesia y el convento anexo pertenecen a las monjas de clausura Dominicas. Tras los daños sufridos por el edificio durante la Segunda Guerra Mundial, las monjas se trasladaron al Monasterio de S. Domenico Nuovo (en Via Uguccione della Faggiola), llevándose las reliquias y las obras de arte de mayor valor para la devoción. Actualmente los ambientes del monasterio han sido casi totalmente transformados para ser destinados a transacciones comerciales.
El convento fue fundado a finales del siglo XIV por voluntad de Chiara Gambacorti, una monja del Convento de S. Croce in Fossabanda y perteneciente a una poderosa familia de mercaderes, que en 1382 instituyó la primera comunidad practicante de la Orden Dominica. El convento se convirtió en un lugar de acogida para los necesitados, pero fue también un centro propulsor del movimiento reformador de la Orden.
Las obras de edificación de la iglesia y de las estructuras anexas no se concluyeron hasta 1408. La fachada, muy simple, debía responder a los ideales del cumplimiento, así como la estructura arquitectónica de la iglesia, que se compone de dos cuerpos distintos: el que está detrás del altar era el llamado coro de las monjas o iglesia interna, conectada a la iglesia de los laicos por dos rejillas. Aquí fue sepultada la Beata Clara poco después de su muerte, en 1420. De la tumba perdura la losa de mármol, que hoy se conserva en S. Domenico Nuovo. Trece años más tarde el cuerpo de la santa fue trasladado en una caja y su lápida se colocó en el arcosolio decorado por el gran fresco de la Crucifixión y santos, aún apreciable en el interior de la iglesia.
Posteriormente, en el siglo XVIII, la iglesia ha sido totalmente reconstruida. A esa época se remonta el fastuoso altar mayor y las pinturas sobre tela de Giovanni Battista Tempesti con Historias de la Beata Clara (1782).