La iglesia, antiguamente dedicada a San Pedro y documentada desde el año 1116, a partir de mediados del siglo XII se conoce como S. Pietro a Ischia (ad insula) y a partir de finales del siglo XIII resulta de patronato de la familia Galletti, a la cual se debe la reestructuración de 1277.
En 1393 se erigió un altar dedicado a San Francisco, esculpido por Francisco de Cristiano. A principios del siglo XVII, a consecuencia del hallazgo de una reliquia de Santa Apolonia bajo el altar mayor, la iglesia asumió la denominación actual. En 1777, extinguida la línea masculina de la familia Galletti, el patronato de la iglesia pasó a manos de la esposa y de las hijas, que confiaron al arquitecto Mattia Tarocchi la reconstrucción de la iglesia en las actuales formas barrocas interiores y exteriores, como recuerda una lápida colocada a la izquierda de la entrada. La iglesia, actualmente no oficiada, es la sede de UNITALSI.
Cabe destacar la fachada, ligeramente cóncava, enmarcada por dobles pilastras angulares y un ventanal oval central. En la parte superior la fachada presenta un frontón con salientes semicirculares contrapuestos.
El interior es un solo espacio, con vuelta de cañón. A lo largo de las paredes se conservan cuatro grandes témperas ovales de Giuseppe Bocchini, realizadas en 1820. El altar mayor, en estuco de mármol, es de finales del siglo XVIII. Detrás de este se encuentra el ábside semicircular decorado con un fresco trompe l’œil que representa una balaustrada sostenida por un baldaquín, obra de Mattia Tarocchi, en cuyo centro se encuentra San Pedro y a los lados, abajo, dos figuras alegóricas obra de Giovanni Battista Tempesti.