La Universidad de Pisa se remonta al siglo XIII, durante el cual aún no tenía una sede fija. La fecha oficial de la fundación de la Universidad de Pisa es el 14 de septiembre de 1343, cuando su existencia fue reconocida por una bula del Papa Clemente VI.
Después de la interrupción originada por la conquista florentina de 1406, Lorenzo el Magnifico restauró los estudios universitarios, concentrando su sede en el área de la Plaza Nueva del Trigo, del siglo XIV, que por este motivo fue trasladada al lugar de la actual Plaza de las Vituallas. El acto de fundación de La Sapienza como sede universitaria se remonta a 1472, pero las obras de reestructuración del complejo no se iniciaron hasta 1943 y se concluyeron en 1543, por voluntad de Cosme I, con la realización del claustro porticado con columnas de asperón de gusto renacentista.
En el pasadizo de la entrada hay colocados algunos escudos medievales. A continuación se entra al patio con pórtico y galería, donde está el monumento de bronce de 1921, obra de Gigi Supino, conmemorativo de los caídos en la batalla de Curtatone y Montanara, enmarcada en el Resurgimiento italiano y en la que participaron estudiantes y profesores de la Universidad de Pisa. Bajo el porticado hay inscripciones y bustos de profesores universitarios y la entrada al Aula Magna Histórica, que conserva en su interior una estatua de Galileo Galilei esculpida por P. E. Demi en 1839.
Desde la galería superior se accede al Aula Magna Nueva, realizada en 1923, y a la Biblioteca Universitaria, rica en volúmenes y periódicos con más de un centenar de incunables, manuscritos y cartas, entre ellas una de Galileo Galilei sobre la caída de los cuerpos. El resto del complejo alberga actualmente la sede de la Facultad de Jurisprudencia de la Universidad de Pisa. La fachada, que imita el estilo renacentista, fue en cambio realizada en los años 1907-1911 bajo el proyecto de V. Pilotti.